如果你已经打败冠军完成一周目，读取存档时会发现自己回到真新镇的家中。这时大木博士会主动上门找你，如果你的图鉴已经收录了超过60种宝可梦，博士就会帮你升级为全国图鉴模式，这是开启后续内容的一个重要节点。接下来你需要前往石英高原挑战四天王，但会发现冰系天王科拿外出旅游了，这时候就要按照新的线索前进。从枯叶市坐船前往一号岛屿，在岛上的精灵中心会遇到研究通信机器的研究员，他会告诉你修复机器需要红蓝宝石，这标志着二周目冒险的真正开始。
登上第一岛屿后，亲爱的小伙伴需要前往灯火山完成寻找红宝石的任务。沿着山路向上走，进入左边的洞穴，一直走到最顶层，在这里会遇见传说中的火焰鸟，你可以尝试收服它。在灯火山右边会遇到两个火箭队余党，击败他们后进入洞穴深处就能找到红宝石。拿到红宝石后返回精灵中心交给研究员，他会给你彩虹通行证和七岛船票，这样你就能自由穿梭于各个岛屿之间了。
亲爱的小伙伴现在可以前往其他岛屿继续冒险了。研究员会委托你寻找另一块蓝宝石，这时你的地图功能也会得到更新。来到第四岛屿，你会遇到劲敌但不会发生战斗，而在岛屿右侧的冰洞内需要使用碎岩技能开路。在这里你会遇到冰系天王科拿，帮助她击败火箭队成员后，会得知第五岛屿存在火箭队仓库的情报。这个仓库需要密码才能进入，而密码的获取需要你继续在第六岛屿的冒险。
第六岛屿的标记森林需要通过冲浪到达，穿过森林后可以进入变化洞穴。亲爱的小伙伴需要在洞穴深处按照特定顺序坠落，先向左然后向右最后向下，这样才能找到蓝宝石。不过拿到蓝宝石后会被火箭队成员抢走，但他会留下仓库密码。带着密码回到第五岛屿的火箭队仓库，击败里面的守卫后就能重新夺回蓝宝石。最后返回第一岛屿将蓝宝石交给研究员，通信系统就能完全修复了。
现在亲爱的小伙伴可以前往第七岛屿继续探索了。岛上设有训练师塔，里面的训练师都十分强大，为你提供了很好的挑战机会。从第七岛屿的桥上走下来会看到一个山谷，穿过山谷就能找到遗迹。如果之前没有收服急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟这三只神鸟，现在还有机会去捕捉它们。在山谷中央的洞穴内使用怪力推动大石头，就能激活未知图腾的遗迹事件，让这个区域充满未知的神秘色彩。在探险过程中，亲爱的小伙伴还会遇到等级高达70的超梦，记得提前做好准备。
亲爱的小伙伴会在各个岛屿遇见许多传说中的宝可梦，包括三神鸟这类强大的存在。建议在与神兽对战前保存进度，并准备好相应的属性抗性道具，这样能让战斗变得更加顺利。二周目为你打开了一个全新的世界，这里有更多隐藏的故事等待你去发掘，更多强大的宝可梦等待你去收服，让这段旅程比一周目更加丰富多彩，充满新的挑战和乐趣。
